Organisatie
Met ingang van 1 januari 1993 zijn de administraties van de Gemeentesecretarie en de dienst Gemeentewerken geïntegreerd in een organisatie. Voorheen bestond de gemeentelijke organisatie uit een Gemeentesecretarie met aan het hoofd de gemeentesecretaris en een dienst Gemeentewerken met aan het hoofd een directeur. De twee organisatieonderdelen opereerden naast elkaar.
De dienst Gemeentewerken legde zich steeds meer toe op de ontwikkeling van nieuwe woonwijken binnen de gemeente en de secretarie voerde de andere taken die verbonden waren aan de dienstverlening en de zorg voor de burgers uit. Door de forse uitbreiding van de gemeente bleek dat de gescheiden organisatiestructuur niet meer voldeed. Met de invoering van deze nieuwe organisatie is het sectorenmodel ontstaan bestaande uit de sectoren Maatschappelijk Welzijn, Middelen en Ruimtelijke Ontwikkeling en Beheer.
In het jaar 1998 is de gemeente Pijnacker serieus een vrijwillige gemeentelijke herindeling met de gemeente Nootdorp gaan onderzoeken.
De regionale ontwikkelingen binnen de regio Haaglanden en de daaruit voortvloeiende bouwopgave voor duizenden woningen op het grondgebied hebben bijgedragen aan deze fusie. Met deze schaalvergroting was de gemeentelijke organisatie ook beter toegerust om haar taken naar behoren te kunnen uitoefenen en meer expertise in huis te halen voor ingewikkelde vraagstukken.
In het jaar 1995 werd er met de bouw van het gemeentekantoor aan het Oranjeplein gestart en in het jaar 2001 vond er in verband met de fusie met Nootdorp een verbouwing plaats.
In 2000 nam de gemeente Pijnacker een belangrijke beslissing door het ondertekenen van een convenant met de gemeente Den Haag en de randgemeenten voor de realisatie van grote woonwijken bij stedelijke centra, de zogenaamde VINEX-wijken. Hiermee werd de basis gelegd voor het beeld van Pijnacker in de komende 25 jaar. Met de bouw van de wijken Klapwijk, Emerald werd de groeigemeente Pijnacker verder ontwikkeld. Het landelijke karakter van het dorp werd wel behouden.
Archiefvorming
In 1999 heeft de gemeente een Archiefverordening en een Besluit Informatiebeheer vastgesteld en werd de archiefverordening uit het jaar 1969 ingetrokken. Binnen de nieuwe verordening zijn de plichten en bevoegdheden beschreven. Het college van Burgemeester en Wethouders heeft daarbij de zorg over het niet overgebracht archief en de gemeentearchivaris heeft het toezicht op het beheer daarop.
De aangewezen archivaris is daarnaast verantwoordelijk voor het beheer op de archieven die zijn overgebracht naar de archiefbewaarplaats te Delft.
In het Besluit Informatiebeheer staan de spelregels met betrekking tot het beheer van de nog niet overgebrachte analoge en digitale archieven.
Het postregistratiesysteem Gida-R werd in de jaren negentig gebruikt. In het jaar 1999 werd het systeem Globit DIS geïnstalleerd. Dit registratiesysteem gaf meer geavanceerde functionaliteiten aan de registratie. De structuur van het te bewerken archief van de periode 1993 tot en met 2001 is een afspiegeling van een gecentraliseerd archief.
De documenten werden opgeborgen op onderwerpen vermeld in de Handleiding opbouw bestuursarchief gemeente 1995, een afgeleide van de Basisarchiefcode van mei 1992 van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten. Er werd geen voorselectie op hoofdrubrieken gebruikt.
De documenten werden gearchiveerd in dossiers met een kleursignalering voor te bewaren (wit) en te vernietigen (blauw).
Jaarlijks heeft er vernietiging plaats gevonden binnen de organisatie. De verklaringen van vernietiging zijn opgenomen in het archief. Er is vernietigd volgens de vernietigingsindicaties van de Handleiding opbouw bestuursarchief gemeente.
Archiefbewerking
In 2010 is het toen 63 meter groot archiefbestand voor een deel bewerkt in kader van een opleiding Voortgezet vorming Archiefbeheer (VVA). Het overige deel van het archief diende nog volledig bewerkt te worden.
De gemeente Pijnacker-Nootdorp heeft eind 2017 de opdracht gegeven aan ArchiefBC, in casu de heer J.A.A.M. Galiart, om deze deelinventaris en het resterende deel met elkaar te integreren en opnieuw te beschrijven. Tevens diende het aparte geplaatste bestand Hinderwet (milieu)-dossiers in de bewerking mee genomen te worden. De totale omvang van het uiteindelijk te bewerken deel bedroeg circa 78 meter. Na bewerking is hiervan 61,3 meter overgebleven. daarnaast is ca 8 meter toegevoegd aan het blok 1933-1992 omdat het dossiers uit die periode betrof (voornamelijk bestemmingsplannen en hinderwetdossiers). Na bewerking is circa 8 meter alsnog, na verkregen toestemming, vernietigd. De te bewaren bescheiden zijn toegankelijk gemaakt door middel van een beschrijvende inventaris, conform de wensen van de gemeente Pijnacker-Nootdorp en Stadsarchief Delft. Het resultaat hiervan is de onderliggende inventaris. De dossiers van de ondernemingsraad van de gemeente Pijnacker zijn in de inventaris opgenomen als onderdeel van het archief.
Dit deel van het archief van de gemeente Pijnacker omvat de periode 1993-2001. Het archief van voor 1993, van zowel de Gemeentesecretarie als de dienst Gemeentewerken zijn al eerder bewerkt en overgebracht. De cesuur wordt gevormd door de fusie van de gemeente Nootdorp met de gemeente Pijnacker tot de nieuwe gemeente Pijnacker-Nootdorp. Deze fusie kreeg zijn beslag met ingang van 1 januari 2002.
Aan een aantal dossiers is voornamelijk op grond van privacy beperkende bepalingen gesteld qua openbaarheid. Door het College van Burgemeester en Wethouders is hiervoor op 19 november 2019 een besluit genomen en op 28 november 2019 is dit besluit gepubliceerd.
